عمده اختلافات بدین شکل است:
1- افراز در دادگاه در فرم دادخواست صورت می گیرد، لکن در ادارات ثبت صرف تقاضا کفایت می کند.
2- ابلاغ در دادگاه طبق مقررات آئین دادرسی مدنی می باشد، لکن در ادارات ثبت طبق مقررات آئین نامه اجرای مفاد اسناد رسمی لازم الاجرا می باشد
3- افراز در دادگاه توسط ارجاع موضوع به کارشناسان رسمی دادگستری می باشد.اما در ادارات ثبت توسط کارشناسان خود ثبت صورت می گیرد.
4- افراز در ثبت در سه مرحله صورت می گیرد. چرا که رأی مدیر ثبت قابل اعتراض در دادگاه عمومی و سپس قابل تجدیدنظر در دادگاه تجدیدنظر استان می باشد.اما رسیدگی در دادگاه دو مرحله ای (بدوی-تجدیدنظر)می باشد.
5-هزینه عملیات افراز در ثبت مطابق عملیات تفکیک و در نهایت اخذ می شود. اما هزینه افراز در دادگاه بر مبنای هزینه دادرسی دعاوی غیرمالی و در بدو امر اخذ می گردد.